En esta época la Gran Guerra Ninja ya es cosa del pasado y el mundo goza de paz y de nuevos avances tecnológicos. El hijo del Séptimo Hokage, Boruto, es un niño que nunca ha vivido una época convulsa como la de la generación de sus padres y que no comprende las responsabilidades del cargo de Hokage. Pero eso pronto cambiará cuando, durante el examen de ascenso a grado medio, dos poderosos villanos atacan de nuevo la Villa de la Hoja.